为了避免水质突变和人为误操作引起的一系列问题，自清洗过滤器系统常采用自动反冲洗。自动反冲洗砂石过滤系统的主要问题是，如何保证反冲的压力和冲洗时间。
1、用压差计测量过滤系统进、出口的压差值，当此值达到预设的压差时，产生一个电信号并反馈给排污阀控制器，控制器即依次自动打开每个罐上的反冲控制阀，从而实现自动反冲洗；同时控制器中装有一个计时器，可预设冲洗延续时间。
2、在洁净的滤料既定的水头损失上再加3.5—5.0m即为要预设的压差值，此值一般界定在5.5—10m之间，关键取决于滤料洁净状态下既定的水头损失大小，因此首先要确认滤料洁净状态下既定的水头损失值。预设压差不宜过大，适度增加反冲洗频率，这样可以防止过滤网被滤料污物堵塞。
3、从自清洗过滤器反冲控制阀关闭到另一个反冲控制阀完全打开之前，必须预留一定的延时，以便压力回升使每个罐均能获得相同的足够的反冲压力，这样反冲洗才更加彻底。
4、定期检测自清洗过滤器排污管排出的水质是否洁净，若发现反冲过程末排出的水中仍含有杂质，说明自清洗过滤器中杂质未被反冲干净，应适当调长反冲延续时间。
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