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本设备制取纯水时，可以顺流运行，也可以逆流运行，顺流运行系原水自交换柱上部进水，流经树脂层（交换），由交换柱下部流出。逆流运行（悬浮床）水的流向与前者相反。
运行之前应首先检查各阀门使其处于制备纯水的工作状态，然后打开进水阀门，调节压力及流量，达到规定标准，即可正常运行。运行过程中，树脂层上面应保持10cm厚的水垫层，通过排气阀门可控制水垫层的高度。进水时必须首先打开排气阀，以免柱体内压力超过额定工作压力而使柱体破损。
定期测定水质做好原始记录。了解水质变化情况。根据运行时间计算出总出水量。每次运行完毕后及时关闭进水阀门和出水阀门。
根据水质的变化情况可粗略地判断阳床及阴床的运行终点。
当阳床先失效时，阴床出水的水质由于阳床的漏钠量增加，而使碱性增强（NaOH),PH值增高，硅含量升高，电导率升高。反之，阴床先失效时，由于阳床出来的酸性水通过，使阴床出水PH值下降。硅含量增加，电导率增大。